Salutato nel novembre 2011 dalla rivista tedesca FonoForum come "entrato nella Champions League degli interpreti bachiani internazionali" Matteo Messori è nato a Bologna dove ha studiato Organo e Contrappunto, diplomandosi con lode. Ha studiato Clavicembalo con Sergio Vartolo presso i Conservatori di Mantova e Venezia, diplomandosi nuovamente con lode.
Inoltre, ha studiato Musicologia presso l'Università della sua città natale.
È attivo sia come clavicembalo, organo e clavicordo solista e direttore d'orchestra in Italia, Europa e America, e collabora anche con varie formazioni da camera.
Per esplorare il rapporto musicale e culturale tra la penisola italiana e il mondo musicale nordico dal XVI al XVIII secolo, Messori ha fondato l'ensemble "Cappella Augustana", che sta dirigendo nella prima registrazione integrale delle opere di Heinrich Schütz per Brilliant Classici (Vol. 1-4, 19 CD).
Ha inoltre diretto, per l'etichetta svedese Mvsica Rediviva, il primo tributo sonoro interamente dedicato alla musica sacra del Kapellmeister di Dresda e organista della Thomaskirche di Lipsia, Vincenzo Albrici (1631-1690/96).
Ha registrato la terza parte del Clavierübung di Johann Sebastian Bach ("5 de Diapason", marzo 2008), i Corali di Schübler, 8 grandi Preludi e Fughe e le Variazioni Canoniche su cinque organi storici della Germania centrale.
Ha inciso Die Kunst der Fuge, Musikalisches Opfer e la frammentaria Triple Fugue BWV 1080/19 di J. S. Bach, come solista su tre diversi clavicembali (anche in stile tedesco centrale, con registro di 16'), nonché come leader dell'ensemble "Cappella Augustana". Ha inoltre registrato per la prima volta l'opera completa per tastiera di Luzzasco Luzzaschi. Di prossima pubblicazione la musica completa per tastiera di Johann Caspar Kerll come clavicembalista e organo solista e come clavicordista le Inventions & Sinfoniae di Bach.
Dirige regolarmente orchestre ed ensemble in Europa (tra cui Capella Cracoviensis, State Chamber Orchestra of the Republic of Belarus, prima rappresentazione teatrale italiana dell'oratorio di Händel La Bellezza ravveduta con Cappella Augustana).
Recentemente si è esibito come solista di clavicembalo, direttore d'orchestra presso la Sala Grande della Philhamornia di San Pietroburgo dove ha tenuto anche un recital per organo di Bach. Come clavicembalista si è esibito con i Wiener Philharmoniker e Daniel Harding al Konzerthaus di Vienna.
Nel Bach-Jahrbuch 2010 ha pubblicato uno studio sul clavicembalo da 16' con clavicembalo a pedali costruito da Zacharias Hildebrandt per il Collegium Musicum di Lipsia.
Insegna organo al Conservatorio di Genova e clavicembalo al Conservatorio di Bergamo. [febbraio 2023]