Matthias Maierhofer ha studiato organo, musica antica e musica sacra presso le università di Graz, Freiberg, Lipsia e alla Schola Cantorum di Basilea. Tra i suoi insegnanti c'erano Arvid Gast, Andrea Marcon, Kurt Neuhauser e Martin Schmeding.
Nel 2007, Matthias Maierhofer è stato il vincitore di uno dei più rinomati concorsi organistici internazionali: il Pachelbel Competition di Norimberga. È stato anche vincitore del premio al Concorso organistico internazionale Franz Schmidt di Kitzbühel nel 2008, al Concorso organistico internazionale Bach di Arnstadt nel 2007, al Concorso organistico internazionale di Nimega nel 2006 e al Concorso organistico internazionale «M.K.Ciurlionis» di Vilnius nel 2003. Da allora, le regolari attività concertistiche lo hanno portato in importanti sedi concertistiche e festival in Europa, Stati Uniti, Russia, Giappone e Corea del Sud. Come solista e continuista, Matthias Maierhofer si è esibito con ensemble come il Dresdner Kreuzchor, il Thomanerchor Leipzig, la Staatskapelle Dresden e la Staatskapelle Halle. Al Freiburger Münster si esibisce settimanalmente con il Domsingknaben, il coro femminile, la cattedrale Domkapelle e il coro della cattedrale. È stato coinvolto in produzioni e pubblicazioni di CD da parte di Edition Helbling, le registrazioni sono disponibili per varie stazioni radio e tramite le etichette Ambitus, Ambiente e Spektral.
Dal 2009 al 2013, Matthias Maierhofer ha tenuto una classe di organo presso la Felix Mendelssohn Bartholdy University of Music and Theater di Lipsia. Nel 2013 Matthias Maierhofer è stato nominato successore del Prof. Dr. Gerre Hancock alla cattedra di organo e musica sacra presso l'Università del Texas ad Austin (USA). Lì è stato nominato Dean's Fellow nel 2015 per i suoi straordinari risultati accademici e gli è stata conferita la Ducloux Fellowship del College of Fine Arts. Dal 2014 al 2016, Matthias Maierhofer è stato organista presso la Redeemer Presbyterian Church di Austin, che ospita due degli strumenti americani più importanti della collezione dell'Università di Harvard: lo storico organo Holbrook e il grande organo op. 46 di Charles Fisk.
Matthias Maierhofer è professore di organo presso la Musikhochschule di Friburgo dal 2016 e lavora anche come organista della cattedrale presso la Münster ‹Unserer Lieben Frau› di Friburgo. Come direttore artistico dei concerti d'organo della cattedrale di Friburgo, è responsabile di una delle principali serie di concerti d'organo internazionali. Le sue attività didattiche come professore ospite e docente presso masterclass internazionali sono legate alla Kitzbühel Organ Academy in Austria e lo hanno recentemente portato alla Yale University (USA), alla Korean National University of the Arts (Corea del Sud) e alla Paderewski Academy in Polonia, tra gli altri. Negli ultimi anni gli studenti della sua classe di organo hanno ricevuto oltre 50 premi nazionali e internazionali in importanti concorsi, borse di studio e fondazioni, tra cui: St. Albans International Organ Competition (GB), International Organ Competition in Miami (USA), Tokyo-Musashino Organ Competition (Giappone), Silbermann Competition Freiberg (Germania), Mendelssohn Competition Berlin (Germania), International Organ Competition «Organ without Borders» Dudelange (Lussemburgo), Daniel Herz Competition Brixen (Italia), International Organ Competition Korschenbroich (Germania), The London Organ Competition (GB), Maria Hofer Competition Kitzbühel (Austria), Rheinberger Competition Vaduz (Liechtenstein), Faszination Organ Competition Mannheim (Germania), International Lazlo Spezferatti Competition Verona (Italia), Prix International Boellmann-Gigout Strasbourg (Francia), International Suisse Organ Competition St. Maurice (Svizzera). Inoltre, gli studenti di Matthias Maierhofer hanno ricevuto il Deutschlandstipendium, la borsa di studio DAAD, la borsa di studio E.T.A. Hoffmann, la borsa di studio Albertus Magnus e Hildegardis, la borsa di studio Rosenberg e la Recruitment Fellowship dell'Università del Texas e sono stati ammessi ai programmi di finanziamento della Fondazione Cusanus, della Fondazione Bucerius, della Fondazione tedesca per la vita musicale e della Fondazione accademica nazionale tedesca. [marzo 2025; tradotto automaticamente dall'inglese]