Johannes Strobl è originario dalla Carinzia / Austria e ha studiato musica presso l'Accademia di Musica e Spettacolo "Mozarteum" di Salisburgo, dove nella classe di Heribert Metzger ha ottenuto il diploma di concertista d'organo e il diploma "cum laude" in musica sacra cattolica. Allo stesso tempo, si iscrive presso l'Università "Paris Lodron" di Salisburgo per studiare Musicologia e Storia. Ha inoltre studiato musica antica presso la Schola Cantorum Basiliensis con Jean-Claude Zehnder (organo), Jörg-Andreas Boetticher (clavicembalo), Jesper Christensen (Basso Continuo) e Rudolf Lutz (improvvisazione). Ha frequentato corsi di perfezionamento con Michael Radulescu, Luigi Ferdinando Tagliavini, Harald Vogel, Almut Rössler e James David Christie.
Nel 1998 Johannes Strobl è risultato vincitore al concorso Paul Hofhaimer di Innsbruck, nel 2000 al concorso Musica Antiqua di Bruges con l'ensemble "Les Cornets Noirs.
Johannes Strobl ha tenuto concerti in molti paesi europei, in Israele, Giappone, Stati Uniti, Brasile e Argentina. Collabora con rinomati ensembles di musica antica (Concerto Vocale, Concerto Köln, Capriccio Baroque Orchestra, La Fontaine, Turicum, La Freitagsakademie, La Cetra) con orchestre moderne (Camerata Salzburg, Basel Symphony, SWR Symphony Orchestra, Wiener Philharmoniker) prendendo parte a concerti e tournées. Ha partecipato a trasmissioni radiofoniche e produzione televisive e ha inciso CD. Ha collaborato con direttori quali Sir Roger Norrington, René Jacobs, Attilio Cremonesi, Michael Gielen, Peter Schreier, Frieder Bernius, Ivor Bolton, Howard Griffiths, Stephen Soltesz, Vladimir Ashkenazy, e Michel Corboz Hans-Michael Beuerle.
Nel 2001 Johannes Strobl è stato nominato responsabile della musica nella parrocchia di St. Goar a Muri (Svizzera), ove è pure conservatore degli storici organi della chiesa abbaziale, direttore artistico di una serie di concerti, ed animatore dell'ensemble vocale professionale "Cappella Murensis" con la quale affronta pagine di Monteverdi, Bach, Händel e Mozart oltre alla riscoperta di musiche inedite provenienti dai monasteri svizzeri, il tutto documentato nelle registrazioni da SRF 2 e Espace 2 e in particolare con l'incisione della prima assoluta della "Messa di Muri" di Johann Valentin Rathgeber, uscita nel 2007 per Audite.
Nel 2008 Johannes Strobl ha presentato il suo primo SACD inciso al Grande Organo della chiesa abbaziale di Muri intitolato "Christ lag in Todesbanden" nel quale egli combina la letteratura della scuola della Germania del Nord a opere di Johann Sebastian Bach. La sua registrazione "Polychoral Splendour" (Audite, 2012) effettuata nei quattro matronei della chiesa abbaziale di Muri con la Cappella Murensis e l'ensemble Les Cornets Noirs sotto la sua direzione, gli ha valso nel 2013 un riconoscimento presso l'International Classical Music Award. [gennaio 2017]
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