Ernst Wally ha frequentato la Scuola di Musica di Vienna e ha studiato al Conservatorio diocesano per la musica sacra dell'Arcidiocesi di Vienna, dove Franz Falter è stato il suo insegnante di organo. In seguito ha proseguito lo studio dell'organo (con Michael Radulescu), della composizione (con Dietmar Schermann, Michael Jarrell e Frédéric Durieux) e della musica sacra presso l'Università di Musica e Spettacolo e al Conservatorio Nazionale Superiore di Musica et de Danse de Paris. Dopo aver prestato servizio come organista liturgico alla chiesa di S. Carlo a Vienna e come organista ospite in prestigiose chiese di Vienna, nel 2007 è stato ammesso al Duomo di S. Stefano, dove ha inizialmente ricoperto la carica di Dommusikassistent, fino a diventare organista a tempo pieno. Ha lavorato anche più volte in radio e televisione come organista. Come concertista si è prodotto in patria ed all'estero. Ha anche lavorato come organista in diverse produzioni con la Vienna Radio Symphony ed altre compagini, sotto la direzione di Simone Young, Manfred Honeck e Martyn Brabbins. Nel 2013 ha debuttato alla Gesellschaft der Musikfreunde ed alla Sinfonica di Vienna, con la Sinfonia n. 3 in do minore, op. 78 ("Organo Symphony") di Camille Saint-Saëns, diretta da Bertrand de Billy. Le sue composizioni comprendono opere di vario genere nel sacro e nella sfera secolare. Ha creato opere commissionate per il Guardini Foundation / Berlino, la Dommusik S. Stefano a Vienna in occasione della visita di Papa Benedetto XVI, L'Estate Carinziana, così come i cicli di concerti d'organo "Wiener" e "Dialoghi mistici" (Vienna). I suoi lavori sono stati eseguiti in Austria, Germania, Italia, Finlandia, Gran Bretagna, Russia, Repubblica Ceca, Repubblica Slovacca e Cile. Dal 2005 al 2010 Ernst Wally ha insegnato Composizione, Teoria musicale e Organo presso il Conservatorio di Vienna "Franz Schubert". Dal 2016 riveste il posto di organista presso la Cattedrale di Santo Stefano a Vienna. [maggio 2017]