François-Henri HOUBART è nato a Orléans (Loiret) il 26 dicembre 1952.
Inizia lo studio del pianoforte all'età di 7 anni e quello dell'organo all'età di 11 anni, durante i suoi studi con i domenicani di Sorèze (Tarn). A Parigi diventa allievo di Pierre Lantier per l'armonia e il contrappunto, di Suzanne Chaisemartin, Michel Chapuis e Pierre Cochereau per l'organo e l'improvvisazione. Nel 1971 ha preso lezioni da Jean Guillou all'Accademia Internazionale di Organi di Vevey. Nel 1978 ha vinto il secondo premio al Concorso Internazionale di Improvvisazione di Lione. Primo organista della chiesa di Saint-Paterne nella sua città natale di Orleans dal 1968, ha iniziato, nel 1974, la carriera di organista parigino come deputato del grande organo di Saint-Séverin. Nel 1975 diventa co-titolare dell'organo di Saint-Nicolas-des-Champs, poi, l'anno successivo, detentore del grande organo di Sainte-Elisabeth-du-Temple. Nel 1977 Xavier Darasse gli fece registrare il suo primo disco (Trascrizioni di Liszt all'organo Cavaillé-Coll di Grenade-sur-Garonne per la serie "Orgues Historiques" presso Harmonia Mundi). Nel 1979 è stato nominato organista della Madeleine di Parigi, succedendo a Camille Saint-Saëns, Théodore Dubois e Gabriel Fauré all'età di 26 anni.
François-Henri Houbart ha insegnato per la prima volta organo alla Scuola Nazionale di Musica di Orléans, dal 1980 al 2000. È poi diventato professore al Conservatorio Nazionale della regione di Rueil-Malmaison, dopo Marie-Claire Alain e Susan Landale.
In qualità di concertista, ha tenuto più di 1.200 concerti o recital in Europa, Stati Uniti, Canada e Giappone. È riconosciuto come uno dei più grandi improvvisatori attuali. I suoi gusti musicali lo portano ad interpretare i maestri della scuola nordica e i compositori dell'Ottocento.
Ha realizzato oltre 70 registrazioni, alcune delle quali hanno vinto premi prestigiosi.
François-Henri Houbart è solista a Radio-France, membro del comitato artistico del concorso internazionale d'organo di Chartres, autore di un libro sugli organi della cattedrale di Orléans. Nel 2016, Editions Delatour ha pubblicato la sua "Histoire de l'Orgue en Orléanais et dans le Loiret".
Elevato al grado di "Ufficiale dell'Ordine delle Arti e delle Lettere", ha ricevuto la Medaglia di Vermeil dalla Città di Parigi. [febbraio 2021; tradotto automaticamente dal francese]