Stephan van de Wijgert ha studiato organo alla Hogeschool voor de Kunsten di Utrecht. Nel 1998 ha sostenuto l'Esame di Insegnamento Musicale e nel 2001 ha conseguito il Diploma di Seconda Fase. I suoi insegnanti di organo dal 1987 sono stati Véronique van den Engh, Jan Raas, Reitze Smits, Matteo Imbruno e Jan Welmers. Ha frequentato diverse masterclass ed è stato vincitore del premio Sweelinck nel 2007.
Dal 2008 è organista presso la chiesa De Duif situata sul Prinsengracht ad Amsterdam. Commissionato da Stadsherstel Amsterdam, proprietario di De Duif, l'organo Smits del 1862/1880 è stato completamente restaurato. Stephan van de Wijgert è stato successivamente nominato organista permanente con i compiti principali: organizzare spettacoli in vari eventi, in particolare la serie "Concerti d'organo della domenica pomeriggio nel Duif" che comprende circa 25 concerti all'anno.
Gli eventi avviati da Stephan van de Wijgert che meritano un'attenzione particolare sono quelli nel contesto di “De Muze in Meervoud”. Qui sono riunite diverse discipline artistiche. Vengono così esplorate le possibilità di rendere giustizia alla ricchezza dell'organo in un contesto più ampio e di renderlo accessibile a un vasto pubblico. [settembre 2022; tradotto automaticamente dall'olandese]