Cesare Mancini è nato a Siena. Si è diplomato in organo e composizione organistica al Conservatorio "Luigi Cherubini" di Firenze e si è perfezionato con Tagliavini, Koopman, Vogel, Oortmerssen, Lohmann, Boyer, Stembridge, van de Pol, Acciai, Carnini, Donini. Si è laureato in storia della musica all'Università di Siena con una tesi su Marco Enrico Bossi, poi pubblicata. È il maestro di cappella e l’organista della Cattedrale di Siena. È fondatore e direttore del Coro Agostino Agazzari, coro ufficiale della Cattedrale, con il quale ha effettuato anche incisioni discografiche e registrazioni su RaiUno. Intensa è la sua attività concertistica in Italia e all'estero; ha partecipato a manifestazioni quali la Settimana Musicale Senese organizzata dall'Accademia Musicale Chigiana, le rassegne dell'Accademia di Musica Italiana per Organo di Pistoia, i Festival organistici internazionali di Roma, di Milano, di Lucca, di Arezzo, il Festival natalizio di Firenze, collaborando con direttori quali Roberto Gabbiani e Luciano Acocella e con complessi quali l'Orchestra Sinfonica di Sofia e l'Orchestra "Rinaldo Franci Città di Siena". Si è esibito inoltre alla presenza di Giovanni Paolo II e di Oscar Luigi Scalfaro. È assistente del direttore artistico dell’Accademia Musicale Chigiana di Siena.
Maestro di cappella e organista titolare della Cattedrale di Siena. Fondatore e direttore del Coro Agostino Agazzari, coro polifonico che svolge servizio liturgico in Cattedrale. Cesare Mancini svolge regolare servizio liturgico nella Cattedrale di Siena.