Willibald Guggenmos ha ricevuto il suo primo incarico di organista all'età di dieci anni. Ha iniziato la sua formazione musicale al Conservatorio di Augsburg, in Germania e alla Hochschule für Musik di Monaco di Baviera, dove ha conseguito un totale di tre master universitari, tra cui pianoforte, orchestra e Organo.
Dal 1984 al 2001 ha ricoperto l'incarico di organista presso la Chiesa di San Martino a Wangen/Allgäu, Germania meridionale, dove ha realizzato un programma musicale molto vario. Nel 1985 ha eseguito le opere complete di J.S. Bach in 14 concerti. Dal 2001 fino al 2004 è stato organista sub-conduttore e coordinatore della musica nella Cattedrale di Monaco di Baviera (Liebfrauendom).
Nel gennaio 2004 ha ricevuto l’ incarico quale organista titolare della Cattedrale di San Gallo (Svizzera). La sua carriera di concertista lo ha portato in quasi tutti gli angoli del mondo: in Europa, in Nord America, Canada, Islanda, Russia, le Bahamas e varie isole dei Caraibi, Australia, Nuova Zelanda, Hong Kong ed Estremo Oriente. Ha tenuto recitals in luoghi di tradizionale prestigio come la cattedrale di Notre Dame a Parigi, St. Paul's di Londra, le cattedrali di Siviglia, Copenaghen, Uppsala, Zurigo, Bruxelles, Messina, Anversa, Colonia, Varsavia, Riga, Reykjavik, Aosta, San Francisco, Ottawa, Sydney e Melbourne; nell’ Oratorio di San Giuseppe-Montreal, al Quincena Musical (San Sebastian), al Brucknerfest Linz ed in sale da concerto come la Monaco di Baviera-Philharmonie, Liverpool St. Georges- Hall, Hong Kong Cultural-Center, Sydney Town-Hall e Wellington Town-Hall.
Recensioni internazionali hanno attestato la sua "fantastica, abbagliante tecnica e musicalità" (Bernhard Holland-New York Times). Il suo vastissimo repertorio include le opere integrali di Bach, Franck, Liszt, Mozart, Mendelssohn, Brahms, Boëllmann, Stehle e Duruflé, le grandi opere di Max Reger, Marcel Dupré, Olivier Messiaen e di innumerevoli altri autori che hanno scritto per l’organo. Per la televisione e la radiodiffusione ha fatto diverse registrazioni in molti paesi. Di grande successo e particolarmente apprezzate dalla critica le sue incisioni avvenute presso il più grande organo in Svizzera (Engelberg), il famoso “Cavaillé-Coll” presso Azcoitia (Spagna) e il leggendario famoso "Hill-Organ" della Sydney Town-Hall (Australia). [maggio 2011]