Franz Josef STOIBER ha appreso da giovanissimo a suonare l'organo, dapprima con l'organista della Cattedrale di Passau, Walter R. Schuster, e poi con quello della Cattedrale di Regensburg (Ratisbona), Eberhard Kraus. Ha studiato musica da chiesa e teoria musicale presso la Musikhochschule di Würzburg (organo con proff. Günther Kaunzinger e G. Weinberger, composizione con il Prof. Z. Gárdonyi). Artisticamente i suoi riferimenti principali sono stati per l'organo il Prof. Jon Laukvik, presso la Musikhochschule di Stoccarda, e per l'improvvisazione il Prof. Peter Planyavsky in Vienna. Dopo tre anni come assistente musicale a tempo pieno presso la cattedrale di Würzburg, e docente di teoria musicale presso la Musikhochschule Würzburg, Stoiber nel 1989 ottiene un incarico come docente di organo e teoria musicale presso l'Accademia Cattolica di Musica da Chiesa ed Educazione Musicale, oggi Università Cattolica per la Musica da Chiesa, in Regensburger. Il 1° marzo 1996 è stato nominato organista titolare della Cattedrale di San Pietro a Ratisbona e l'anno seguente insegnante d'organo per il Coro 'Domspatzen Regensburger'. Nel 2003 ottiene la cattedra d'organo liturgico ed improvvisazione presso l'Università Cattolica per la Musica da Chiesa di Ratisbona, dove è anche direttore dal 2003 al 2011. Concerti, registrazioni di c.d., masterclasses, composizioni, scrittura di saggi e libri, completano la sua ricca attività artistica che l'ha portato a lavorare in Germania, Portogallo, Croazia, Russia e Giappone. Un evento saliente della sua brillante carriera è stata la costruzione secondo un proprio progetto del nuovo organo "Rieger" della Cattedrale di Ratisbona, uno strumento di ben 80 registri e 4 manuali. [ottobre 2013]